Trois bois précieux entrent dans la composition des encens japonais haut de gamme. Bois d'agar Aquilaria agallocha.
Aussi appelé bois de jinkoh, "le parfum noyé" L'ingrédient le plus noble et le plus précieux utilisé pour la confection des encens japonais. Ce n'est pas le bois lui-même qui est utilisé, mais la partie la plus riche en sève, réaction de l'arbre à une blessure ou un parasite, et qui développe un parfum merveilleux.
On le trouve en Inde, au Bhoutan, au Myanmar, en Malaisie, au Laos, au Vietnam et en Thaïlande. On l'utilise tel quel, en petits morceaux que l'on chauffe pour en exhaler le parfum, ou incorporé dans les bâtonnets ou d'autres préparations. Il est recherché dans tout l'Extrême Orient et dans le monde musulman (Émirats, Arabie Saoudite, etc.)
Bois de santal Santalum album.
Le bois de cet arbuste, originaire d'Indonésie, d'Australie ou d'Inde, et l'huile essentielle qu'on en extrait, en font un ingrédient de base de l'encens japonais.
Bois de tabou Cercidiphyllum japonicum.
L'écorce de cet arbre japonais sert de liant inerte, donc sans odeur, pour la préparation des baguettes d'encens de grande qualité.
Autres composants courants des encens japonais
L'écorce du cannelier, arbre toujours vert originaire de Ceylan, de Java ou des Antilles. La cassie, écorce séchée des jeunes pousses d'une espèce de laurier que l'on trouve dans le nord de Myanmar. La myrrhe, résine d'arbuste originaire d'Afrique et d'Arabie. L'anis étoilé. Le clou de girofle, Syzygium aromaticum. On peut aussi trouver des extraits de diverses plantes : semences d'Hibiscus abelmoschus, racines de Nardostachys jatamansi ou Ferula sumbul, fleurs de Carduus nutans et Mimulus abelmoschus... Et d'autres ingrédients tels que le benjoin, résine extraite du Styrax benjoin, le patchouli, espèce de menthe originaire de l'Est de l'Inde, la résine du camphrier de Bornéo, la résine de Boswelia carteri ou oliban, l'encens de la Bible (Éthiopie, Somalie), l'eucalyptus, dont on extrait le camphre...
Certaines plantes sont spécifiques à l'encens japonais comme : Haisokoh, Agastache rugoa racine d'une plante du Sud de la Chine. Kara mokkoh, Saussurea sp. racine d'une plante d'Asie occidentale. Kansho, Nardostachys jatamansi rhizome d'une plante de l'Est de l'Inde. Rei ryokoh, Coumarouna odorata menthe d'Asie centrale. Daioh, Rheum officinale racine d'une plante du Tibet.